duda pago por venta de casa

Hola,
tengo una duda sobre la cantidad a pagar en la venta de una casa.
Mis padres compraron una casa el 11/03/2002 por 39.500.000 ptas
(pero en la escritura consta 180.304 euros)y la vendieron en Junio del 2007 por 80.000.000 ptas. Con el beneficio se han comprado una primera vivienda por 30.000.000 ptas y liquidaron la hipoteca de la casa vendida (unos 24.000.000 ptas). Ahora hacienda les reclama que en dos años deben pagar 52.000 euros por la venta de la casa, es una cantidad excesiva. Puede alguien explicarme el método de cálculo por la cuál se obtiene esa cuantía.