IAE Médicos

Yo soy médico y desde hace unos años a parte de mi trabajo principal en un hospital público paso consulta en una clínica 2 tardes. Estoy dado de alta en el I.A.E. pero no como autónomo.
Hasta ahora me pagaba la clínica y no tenía ningún problema. A partir de ahora me pagará directamente a mí Sanitas y tendré q pagarles un porcentaje a la clínica en concepto de arrendamiento de la consulta.
Mi duda es si estoy obligado a darme de alta como autónomo (hasta ahora no lo estoy) para poder deducirme en la declaración los gastos de arrendamiento de la consulta.
¿Cuanto me podría costar el ser autónomo?
¿Podría estar exento de pagar al estar ya cotizando en el Regimen General como trabajador por cuenta ajena?
¿Qué merece más la pena el RETA o una mutualidad de médicos?
Muchas gracias.