Liquidación Provisional - Alegaciones

Mi consulta es la siguiente. He recibido de Hacienda una PROPUESTA DE LIQUIDACIÓN PROVISIONAL y no he efectuado alegaciones hasta un mes después.
Ahora me llega la Providencia de Apremio, y me dicen que en su momento no hicieron caso a las alegaciones porque habían llegado demasiado tarde.
Lo cierto es que por error de la empresa, me incluyeron más ingresos de los que tenía, como no atendí en plazo ahora me hacen pagar más de 2.000 euros, y me supongo que luego una multa.
Mi empresa ya modificó el modelo 190, pero en Hacienda me dicen que da igual, que mi plazo para alegar ya se ha acabado y me expediente está en Recaudación.
CONSULTA: Si pago los 2.000 euros, luego puedo presentar algún escrito, recurso, complementaria, ... o cómo se llame para que me devuelvan ese dinero. Según me informan en hacienda no es posible.