Competencias de comprobación de los órganos de gestión respecto de las entidades que tributan en regímenes especiales
En este caso, el interesado alega la incompetencia del órgano de gestión tributaria para la comprobación de los regímenes tributarios especiales. La cuestión a resolver, se basa en la interpretación del art. 141.e) de la Ley 58/2003 (LGT). De este modo, se debate si la diferencia de las facultades de comprobación que ostenta un órgano de gestión tributaria y un órgano de inspección radican de un modo objetivo exclusivamente en los medios de los que dispone uno y otro, estando vedados determinados medios para los órganos de gestión, de modo que si utiliza alguno de ellos supondría un vicio por incompetencia, o bien, por el contrario, existe una reserva legal para los órganos de inspección, siendo estos quienes deben llevar a cabo la comprobación de los regímenes tributarios especiales.
Pues bien, el Tribunal considera que todas aquellas actuaciones que impliquen investigaciones o comprobaciones sobre obligados tributarios acogidos a los regímenes especiales previstos por la normativa del Impuesto sobre Sociedades deben ser llevados a cabo por los órganos de inspección, sin que los órganos de gestión tributaria sean competentes, lo que no obsta para que comprobaciones que nada tienen que ver con el régimen especial puedan ser realizadas por los órganos de gestión tributaria, al estar amparados para ello.
En el supuesto que aquí nos ocupa, los órganos de gestión tributaria exclusivamente analizan las pruebas aportadas por el interesado una vez aprobadas las cuentas definitivas, determinando el importe de las partidas existentes y analizando si la prueba en torno a la realidad de dichos ingresos y gastos es suficiente, sin valorar nada relativo al régimen especial de tributación de las entidades parcialmente exentas, sino que exclusivamente lleva a cabo un análisis de la carga de la prueba en base siempre a los datos obrantes en poder de la Administración y los datos presentados por el interesado en el escrito de solicitud de rectificación de autoliquidación. Dicho esto, entiende el Tribunal que, si las actuaciones realizadas, como es el caso que nos ocupa, no suponen una valoración de la aplicabilidad o no del régimen especial, ni tampoco una investigación, comprobación o pronunciamiento sobre cuestiones que afecten al mismo, pueden ser desarrolladas por los órganos de gestión tributaria, entendiendo que ello no entra en conflicto con el pronunciamiento del Tribunal Supremo en sentencia, de 23 de marzo de 2021 (NFJ081579), en el cual se prohíbe la actuación de los órganos gestores sobre cuestiones afectadas por los regímenes especiales.