Autonomo y modelo 347

Hola, describo el asunto:

He adquirido un negocio por traspaso a la par que me he hecho autónomo y tributo en el régimen especial.
El valor del negocio es superior a los 3000 € por lo que tengo entendido que deberíamos hacer el modelo 347 en la declaración pero el antiguo propietario me pide hacer facturas anuales de compra de mercadería no superiores a ese importe hasta el total acordado (iva incluido al 18%).
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¿A qué se debe que quiera hacerlo así? ¿Me puede perjudicar en algo hacerlo de esa manera?

Gracias