Prorrata especial

Buenas tardes:

Voy a empezar a llevar la contabilidad de una empresa promotora y me ha surgido una duda.

Hasta el año 2011 se venía aplicando la regla de la prorrata general sobre todas las facturas de gasto de la empresa, sin embargo para este año 2011 se ha procedido a solicitar la aplicación de la prorrata especial, pero no se muy bien como debo proceder en los primeros meses del año. ¿Debo aplicar el porcentaje de la prorrata general del año pasado y regularizar ese porcentaje a finales del 2011? Por otra parte no entiendo muy bien sobre que facturas debo aplicar la mencionada prorrata ahora que es especial, ya que antes se venía aplicando sobre todas y ahora sólo se deberá aplicar sobre las que son facturas a ambos sectores diferenciado y realmente no se muy bien cuales son los sectores y cuales pueden ser esas facturas.

En fin espero haberme explicado bien y a ver si alguien me puede ayudar. Un saludo y gracias de antemano