Impuesto Actos Jurídicos de un Acta Final de Obra

Recientemente me ha llegado una complementaria de Recaudación de la C.Autonoma de Murcia por liquidar el impuesto de actos jurídicos documentados de un Acta Final de Obra a CERO.
Argumentan que hay una diferencia entre el valor del presupuesto de ejecución material sobre el que, en su día se liquidó el impuesto en la escritura de Obra Nueva y el valor de construcción que da el Seguro Decenal en el Acta Final de Obra.
El impuesto, de toda la vida se ha liquidado en la escritura de Obra Nueva según el presupuesto de ejecución material que hace el Arquitecto de la obra y referenciado y visado por el Colegio de Arquitectos.
Despues, en el Acta Final de Obra, se pide presupuestos a distintas compañías de seguros. Hay compañías que les vale el de ejecución del arquitecto, otras que valoran incluso el coste del desescombro en caso de siniestro total, los honorarios de los arquitectos, las licencias e incluso los impuestos y sobre la suma de todos esos valores, dan un valor de ejecución de la obra.
Este al ser superior al del arquitecto que se liquidó en la Obra Nueva, la Comunidad Autónoma pasa la complementaria por la diferencia de valores, más su recargo claro está.
No es lógico que se cobre impuestos en función de los valores que da una compañía de seguros u otra.
La licencia de obras es un impuesto, y si la compañia de seguros lo considera como coste de ejecución de obra, entonces hay que liquidar impuestos sobre impuestos??

Gracias.