Modificacion base imponible

Hola, desearía que alguien me aclarara una duda sobre las modificaciones de bases imponibles en el caso de impagos, mediando un concurso de acreedores:

Una vez practicada la modificación de bases, estamos negociando un convenio de acreedores, con una quita y unos pagos aplazados.

La duda que se me plantea es ¿qué pasaría con la modificación si el deudor, firmado el convenio y transcurrido el plazo, paga lo acordado.

Según la normativa del IVA, en ese caso procede modificar nuevamente la base imponible, al alza.

Y yo me pregunto, ¿quién me paga ese IVA? si ahora estoy reclamando al deudor solo la base, no el IVA, y solo cuando el deudor pague todo lo acordado (base), me dice Hacienda que debo rectificar al alza la base, ¿entonces, una vez pagado todo, se la pido al deudor? No suena muy lógico.

Gracias