Declaración no realizada pero obligatoria

En 2009 me mandaron el borrador de la declaración, como me daba a pagar unos 800 euros y no superaba los 22000 euros anuales pensé que no tenía obligación de hacerla. Me equivoqué, luego me enteré que como había tenido dos pagadores si que tenía que haberla hecho. Como cuando me enteré ya había pasado bastantes meses, no hice nada (los años siguientes, la he hecho, ya conociendo el hecho de los dos pagadores).
Ahora,

para solicitar una beca necesito un papel de hacienda donde diga que estoy al día en mis obligaciones tributarias, mi pregunta es: ¿qué tengo que hacer? ¿Ir a hacienda, reconocer mi error y pagar la multa,antes de pedir ese papel? y a ¿cuánto ascendería esa multa?
Muchas gracias,