venta de una nave industrial con una obra antigua no registrada

Hola, tengo una nave industrial en venta de la que tengo las escrituras de compraventa en 1992 pero hice una ampliación en altura de la que tengo planos de arquitecto visados en abril del 2001, pero no registre la ampliación. Ahora tengo un comprador y no se si tengo que registrarlo antes de venderlo o el mismo notario el día de la compraventa puede arreglarlo todo. ¿que debo hacer? ¿quien tiene que pagar el registro o lo que sea?