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Compra a sociedad civil

Por favor,
¿Cómo me tiene que hacer la factura mi proveedor en el siguiente supuesto?
Mi proveedor es una sociedad civil que produce fruta.
Nos vende la fruta a nosotros.
Si el importe son 3.000 euros
¿Qué IVA le pago? 9% por régimen agrario o 4% por ser sociedad civil.
¿Retengo IRPF? ¿2%?
En resumen. La factura quedaría:
Base imponible: 3.000
Tanto alzada 9%: 270
Total factura: 3.270
Retención 2%: 60
Total a pagar: 3.210

Gracias por los comentarios.

He encontrado en aeat.es
TITULO: IMPUESTO SOBRE EL VALOR AÑADIDO
CAPITULO: RÉGIMEN DE AGRICULTURA, GANADERIA Y PESCA

SUBCAPITULO:

REFERENCIA: 107938-APLICACIÓN: PARTÍCIPE EN SOCIEDAD CIVIL

PREGUNTA: Un agricultor que a la vez es partícipe en una sociedad civil vende sus productos a la sociedad civil, la cual vende esos productos y otros. La sociedad tributa en módulos de IRPF y recargo de equivalencia en el IVA. El agricultor tributa en R.E.A.G.P., salvo renuncia ¿es correcto?

RESPUESTA: Sí. Es correcto si se cumplen todos los requisitos exigidos para tributar en los regímenes correspondientes.

El agricultor y la sociedad civil son dos sujetos pasivos distintos.

NORMATIVA:

Según este ejemplo, la sociedad civil me facturará:
Base imponible: 3.000
IVA reducido 4%: 120
Total factura: 3.120
Retención 2% s/3.120: 62,40
Total a pagar: 3.057,60

¿Qué opinais?

En este caso, mi proveedor lo ha hecho como el primer caso que enuncié.