LIQUIDACION DE IVA ERRONEA

La empresa en la que trabajo se dió de alta de un IAE en un ayuntamiento de Navarra, para hacer unos trabajos allí.
A la hora de hacer las declaraciones de IVA se presentaron en la Hacienda española, por todas las operaciones de la empresa (las de Navarra y el resto). Ahora nos llega un documento de la Hacienda de Navarra por el que se nos dice que por habernos dado de alta en el IAE en Navarra tenemos que liquidar allí el IVA.
¿Qué hay que hacer si ya lo hemos presentado y pagado en España?

Gracias.