IGIC y facturas emitidas desde la Peninsula

Hemos emitido una factura a la administración publica por unos trabajos realizados en Canarias. Del importe total de la misma, que ha sido emitida exenta de IVA, nos descontarán en el pago el 5% en concepto de IGIC (así figuraba en contrato) ¿Cómo he de contabilizar ese 5% de menor ingreso?

Muchas gracias.-