INVERSIONES INMOBILIARIAS

Tengo Algunas Dudas sobre qué sería lo más ventajoso, fiscalmente hablando, para la compraventa de dos Naves.

Se trata de que voy a vender 2 naves industriales en Madrid, para comprar otras dos algo más grandes y con otra ubicación, pero en la misma zona, para un uso exclusivo de alquiler, y no se que gastos y desgrabaciones fiscales tendré, de hacerlo como persona física (que es como tengo las naves ahora), o por el contrario, hacerlo a traves de una empresa que constituí ha dos años cuya actividad contempla la compraventa, alquiler y mantenimiento de inmuebles.

Las Naves me costaron 200.000€ (hace 22 y 4 años respectivamente), queremos venderlas por 600.000€ de valor inmobiliario, pidiendo a parte 72.000€+IVA en concepto de fondo de comercio (esto del fondo de comercio ¿es correcto considerarlo como valor no inmobiliario?)

Corregirme si me equivoco:

1º/ Si lo planteo como persona física:
A.- ¿ Tendré que tributar sólo por el 18% de la plusvalía ?, a parte, claro está, de tener los gastos ocasionados por Actos Jurídicos Documentados (AJD).
B.- ¿Cómo puedo facturar el concpto "fondo de comercio" si soy persona física? y en caso de que pudiera ¿ cómo tributaría este concepto?

2º / Si lo planteo por la empresa, primero debería vender a esta las naves, teniendo en cuenta el valor fiscal mínimo ( con lo que el 18% a tributar será sobre una cantidad menor igualmente los AJD, tampoco incluiría el concepto "fondo de comercio").
A continuación, cuando la empresa venda al comprador final, se haría por la cantidad mencionada al principio, y en el mismo ejercicio, realizaría la inversión en las otras dos naves.
Aquí se me plantea una nueva duda:
A.- ¿Debe condiderarse la compra de las dos naves nuevas como "mercadería en existencias" (dado la actividad de la empresa), o por el contrario debe contemplarse como inmobilizado (dado que su fin es el alquiler).
B.- ¿Qué Impuestos habría que pagar en ambos casos?
C.- ¿Qué desgrabaciones fiscales obtendría en ambos casos?

Finalizando, el motivo es saber, si con el precio de venta que he sugerido, será insuficiente para realizar la compra de las dos naves nuevas, ya que no se cúantos impuestos me va acostar todo esto.

Gracias.