Escrituración obra nueva

Hola, soy nuevo en el foro y me gustaría plantear el siguiente problema:
- Estoy construyendo una casa unifamiliar. El constructor se fue con el dinero dejando la casa al 80% y a partir de ahí estoy terminándola como puedo.
- Durante el tiempo que dicho constructor estuvo trabajando yo pagué tal que 80000 euros netos según contrato, pero únicamente me dió una factura de 30000(pagándole el 7% de iva), quedando pendiente otra de 30000 que me daría al final(pero huyó con la pasta).
- Bien, el caso es que el coste total de lo que me queda por hacer ascenderá a unos 18000 euros netos, pero como el ladrón me dejó tiritando la cuenta, pensaba ahorrarme lo que pudiera en pagos de iva.
- A la hora de escriturar, tengo que justificar algo con las facturas que tenga? pensaba escriturar por 55000, pero no tengo facturas por ese importe.
- En la escrituración se paga algún iva correspondiente a esos 55000 euros que escriture? o se supone que yo ya eso lo he pagado a los profesionales oportunos?
- Otra duda que me surge es que tengo un piso con una primera hipoteca que hice cuando la compré. Pero para construir esta casa por comodidad volví a hipotecarla cuando la anterior hipoteca estaba pagada al 80%. Esto me puede provocar algún problema con Hacienda???

Son muchas preguntas. Gracias de antemano, un saludo.