IMPUESTO SUCESIONES DE UNA S.L. SIENDO LOS HEREDEROS ACCIONISTAS

En 2004 Fallecio mi padre,dejando como herencia40% de participaciones de una sociedad de la que los dos herederos somos mi hermano y yo , y mi madre como usufructuaria ( mi padre era administrador). mi cuestion es, que en la comunidad de galicia las empresas Familiares tienen una deducción del 95%, y nosotros cumplimos con todos los requisitos, menos uno según dice hacienda, ya que según ellos mas de un porcentaje de sus ingresos deben de ser de la sociedad,(decir que mi padre no tenia otro trabajo y que solo recibia el sueldo como administrador y todo lo que heredamos estaba dentro de la sociedad).

¿puede la agencia tributaria exigir el pago del impuesto aunque estemos reclamando por via administrativa?