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Vivienda Habitual: Concepto y Excepciones

Estimados amigos: os solicito vuestra opinión sobre la situación que a continuación os planteo;
En Junio de 2006 vendí mi vivienda habitual (habitada más de tres años), comprando otra en Agosto 2006 y aplicando la reinversión por vivienda habitual en la declaración del IRPF-2006; este último piso se compra en construcción y la entrega de llaves se produce en diciembre de 2007. En este contexto, tengo dos problemas:
1.- A la fecha de escritura de la venta yo ya me había mudado, un mes antes, (para dejar "libre" el piso) y empadronado en otro lugar. Tenía contrato de compra-venta desde tres meses antes y es cierto que el acto de escritura se demoró más de lo previsto por problemas económicos del comprador. Según me plantea ahora Hacienda, al no estar empadronado a la fecha de escritura en mi vivienda habitual, el piso pierde esta condición y no tengo derecho a la exención por reinversión.
Creo que justificando el contrato de compra-venta previo, momento en el que todavía sí que estaba empadronado en mi vivienda habitual, puede justificarse y mantener el derecho a la exención por reinversión. ¿Qué opináis?
2.- La nueva vivienda adquirida en agosto del 2006, con entrega de llaves en diciembre-2007, no he llegado acuparla ya que antes de la entrega de llaves contraje matrimonio (julio-2007) y nos instalamos en el piso de mi pareja (empadronándome en él). Entendiendo que a partir de ese momento no se consideraría mi vivienda habitual, no me he practicado deducciones por vivienda en las declaraciones del IRPF posteriores (2007, 2008, ...) aunque sigo pagando la hipoteca correspondiente.
¿Esta situación invalida de alguna forma la concepción del nuevo piso como vivienda habitual a los efectos de la declaración del IRPF-2006? Hacienda me plantea, además de lo anterior, que dado que nunca la he ocupado tampoco sería aplicable la exención por reinversión por no tener la consideración de vivienda habitual. En 2006 no podía ocuparla puesto que estaba en contrucción y, como he indicado, posteriormente contraje matrimonio antes de la entrega de llaves; pero, para mí, durante el 2006 sí debe considerarse como vivienda habitual a los efectos del IRPF.
Consultando el concepto "oficial" de vivienda habitual, artº 54 del R.D. 439/2007 (Reglamento del IRPF), parece que exceptúa el cumplimiento de la ocupación durante tres años y en los 12 meses siguientes en casos como matrimonio, separación, cambio de empleo....
Reconozco que es un caso atípico, pero os agradecería me aclaráseis los dos temas. Yo incluí en la declaración del 2006 la exención por reinversión y ahora Hacienda (por los dos motivos expuestos) plantea que debe tratarse el beneficio de la venta como incremento patrimonial y en consecuencia "pagar una pasta".
Muchas gracias por vuestra atención. Saludos.