Tratamiento IVA IMPORTACIÓN deducido de más por error

Recientemente hemos descubierto que en el 4º Trimestre de 2008 se duplicó una cuota de IVA (unos 8.000 €) de una importación habiéndonos deducido por lo tanto más IVA del que nos hubiera correspondido. Además, en dicho ejercicio el resultado al finalizar salía a compensar, pero eliminando la duplicidad hubiera salido a pagar.

Mi duda es cómo regularizar la situación para que nos resulte lo menos gravoso posible. En alguna ocasión tuvimos comprobación de IVA y Hacienda eliminó algunas partidas sin sancionar y ahora me pregunto si es mejor esperar a que Hacienda compruebe (y elimine, aunque no sé si nos aplicaría sanción) o bien presentar declaración complementaria extemporánea (con el recargo del 15%).

Muchas gracias por anticipado.