En busca de un explendido que me diga como se paga el iva

Hola, gracias de antemano por vuestro tiempo
Tengo un pequeño negocio, muy, muy pequeño en una galería, donde se hizo hace 2 años una reparación pagando la comunicad el IVA del constructor.
En el pago trimestral del IVA hasta ahora (espero enterarme como se hace) he estado deduciendo el 16% de las prorratas que pago, esto ya no está bien porque en las prorratas hay además otros conceptos.
Esto anterior de la obra de la galería, (negativo), lo compenso con el cobro de un alquiler(positivo) con resultado a pagar (positivo).
Esto que hago creo que no es correcto, me gustaría que alguien me echara una mano diciéndome como lo regulo todo.
Me dicen que pague a un profesional, pero estamos hablando de muy poco, seria mas caro, el collar que el perro.