El TS declara como doctrina que la calificación jurídica de exención tributaria o no sujeción al tributo efectuada por el obligado tributario al presentar la autoliquidación tributaria, no priva a la misma de los efectos interruptivos de la prescripción

Los actos de declaración, así como las autoliquidaciones producen el efecto de interrumpir la prescripción, no porque sean actos de reconocimiento de una obligación, que no lo son, tal y como expresamente declara el art. 119.1 párrafo segundo LGT, sino por ser actos que cumplimentan obligaciones impuestas al obligado tributario, conducentes a la liquidación o autoliquidación del tributo. Cuando se niega la sujeción o se invoca la exención, no por ello estos actos dejan de producir sus efectos legales en cuanto al procedimiento tributario, en particular la interrupción del plazo de prescripción. La presentación de una autoliquidación, en la que se comunica un determinado hecho con eventual trascendencia tributaria, acompañando en su caso el correspondiente documento en que se contiene el hecho con trascendencia tributaria, es un acto conducente a la liquidación o autoliquidación, aunque el obligado tributario, precisamente por considerar no sujeto el hecho a determinado tributo, no efectúe las operaciones de determinación de la deuda tributaria, lo que no impide que sea un acto que objetivamente es conducente a la liquidación porque permite a la Administración tomar conocimiento del hecho con trascendencia tributaria, y ejercer sus competencias para su comprobación, y en su caso liquidación y exacción. El art. 68.1 a) LGT remarca esta idea de autonomía del efecto interruptivo de la prescripción respecto al criterio de calificación jurídica seguido por el obligado tributario que declara o autoliquida. Así, dispone el art. 68.1 a) LGT que la interrupción de la prescripción se produce por «cualquier acción de la Administración tributaria, realizada con conocimiento formal del obligado tributario, conducente al reconocimiento, regularización, comprobación, inspección, aseguramiento y liquidación de todos o parte de los elementos de la obligación tributaria que proceda», y ello «aunque la acción se dirija inicialmente a una obligación tributaria distinta como consecuencia de la incorrecta declaración del obligado tributario». Esto es, aun siendo incorrecta en su calificación jurídica, la declaración del obligado tributario surte el efecto interruptivo, y podrán surtirlo las ulteriores actuaciones de la Administración determinadas por el incorrecto criterio de calificación del obligado, aunque en un momento dado de procedimiento de aplicación del tributo lo hagan por otra obligación tributaria distinta. [Vid., SSTS de 27 de enero de 2016 recurso n.º 3625/2014 (NFJ061714) y 11 de noviembre de 2020 recurso n.º. 5171/2018 (NFJ079679). La Sala declara como doctrina jurisprudencial que la calificación jurídica de exención tributaria o no sujeción al tributo efectuada por el obligado tributario al presentar la autoliquidación tributaria, no priva a la misma de los efectos interruptivos de la prescripción conforme a lo dispuesto en el art. 68.1 c) LGT.

(Tribunal Supremo de 22 de septiembre de 2023, recurso n.º 203/2022)