IVA. COMPRA-VENTA INMUEBLE.

hola, tengo una duda respecto a una operación. En el 2006, la empresa X compra de un constructor una vivienda y garaje, aplicandole un 7%. La empresa X que tiene como objeto social: promoción, compra venta de viviendas, etc...La empresa X se ha deducido totalmente el IVA en el 2006. Ahora hemos recibido una liquidación provisional porque dice que no es deducible el iva porque su finalidad última es la venta del inmueble que al ser segunda transmision es exenta. ¿esto como lo podríamos revatir?. No entiendo porque si compras una existencia afecta a tu actividad en la que has soportado un iva deducible en el 2006, ahora en el 2009 dicen que nos quitan ese iva por el destino que le damos. ¿ No sería que en el momento de la venta, entraríamos en prorrata, y por tanto desde ese momento no tendríamos derecho a deducirnos nada?. ¿ que pasaría si en vez existencias fuera inmovilizado con destino a alquiler o oficinas? No lo tengo claro eso de que dependiendo del tratamiento que le des a la compra: existencia, inmovilizado, futura venta exenta....te va repercutir en la deducibilidad del iva de la compra de la vivienda si a fecha de la compra no has hecho aún la venta.
Necesito vuestra criterio..
saludos y gracias de antemano.