Duda sobre Autónomos y el Impuesto sobre la Renta.

¿Alguien me puede ayudar con esta duda?
Un autónomo, que tiene una empresa (una S.L.), ¿cómo tiene que tributar en el Impuesto sobre la Renta?
La empresa es la que se hace cargo de la Seguridad Social, pero el autónomo (propietario) no tiene un sueldo fijado, así que ¿qué justificante es el que debe disponer?, ¿debe generar facturas a la empresa por el dinero de que disponga?, ¿y cómo tiene que presentar la declaración de la Renta?