Problemas con la realización de la escritura de una vivienda, orientaciones.

En el año 1982 mi padre compró una vivienda por valor de tres millones sin llegar a realizar la escritura en su momento, teniendo un documento privado de compraventa firmado por vendedor y comprador, en 2006 mi padre falleció sin llegar a realizar la escritura de la casa, ahora queremos realizar la escritura a nombre de los herederos, Y es aqui donde surgen las dudas y problemas, ya que la registradora de la propiedad refiere no aceptar el documento de compraventa privada y la notario comenta que habria que realizar una compraventa al minimo precio actual posible para poderla registrar a nombre de los herederos. Estamos un poco confundidos y desinformados, agradeceria orientación sobre si habria otras alternativas y la forma de enfocar la situación y fiscalmente como nos repercutiria al vendedor y al comprador en la actualidad. Gracias de antemano a cualqueir sugerencia u orientación. Un saludo. Jose Fernando