He vendido mi piso y he comprado en construccion(3 años tarda)

Hola, agradecería que alguien me pudiese ayudar a resolver mis dudas.
El caso es que en Julio de 2005 vendí mi vivienda habitual con una ganancia total de 70.000 e.
En ese mismo mes firmé con una constructora un contrato para una vivienda que escrituraré en junio de 2008. A lo largo de 2005 aboné a dicha constructora 40.000 en concepto de firma de contrato, pagos aplazados etc..
Una gestoría me elaboró la declaración (la mía y la de mi mujer, por separado), en la que resultó a pagar unos 3500 euros.
Ahora ,Hacienda me ha citado por anomalías en la declaración. He revisado la declaración y hay cosas que no comprendo.
Como la ley da de plazo 2 años para escriturar,no puede eximirme de declarar mi venta (aunque yo me lo vaya a gastar todo en mi reinversión), entonces creo que la gestoría ha descontado lo que yo he aportado a la constructora de lo que gané con la venta, y sobre esta diferencia ha hecho mi declaración.
¿Es correcta esta operación?
¿Hay algún recurso o base para defender mi reeinversión? Puesto que no considero justo que la ley no me amapare por el simple hecho de que mi construcción al ser de numerosas viviendas, tarde más de los dos años de rigor, cuando voy a inevrtir en ella mucho más de lo que he ganado con la venta de la anterior.
¿Hay alguna sentencia que haya sentado jurisprudencia?
Muchísimas gracias por las posibles respuestas que pudiesen aportar.