prorrata iva

Hola buenos dias. Me ha contratado una empresa para llevar su contabilidad, esta empresa tiene dos actividades, una sujeta a iva y la otra exenta. La empresa en los últimos cuatro años a aplicado la prorrata especial, deduciendose como gasto todo el iva de la actividad no sujeta a iva. Durante estos cuatro años, la empresa ha solicitado al cierre del ejercicio devolución del iva, el cual le ha sido ingresado por Hacienda. La empresa no tiene constancia de haber solicitado aplicación de prorrata a Hacienda. ¿Puede tener problemas si esto lo detecta Hacienda?. ¿Sería aconsejable solicitar a Hacienda la aplicación de la prorrata especial para el ejercicio 2008, ó seguimos como hasta ahora?. Gracias.