Renta y ganancia patrimonial por venta

Buenos dias, tengo una duda sobre declaracion de la renta 2007, espero podais ayudarme.

El caso es que comenzamos a construir casa en el año 2002 y la acabamos en el 2006 (final de obra), el banco a medida que ibamos construyendo nos iba dando dinero de la hipoteca y nosotros presentabamos las certificaciones correspondientes, todos estos años nos hemos ido deduciendo como si fuera vivienda habitual, pero el otro dia me dijeron que como no hemos vivido en ella tres años no tiene consideracion de vivivenda habitual, la vendimos en el 2007. Por lo tanto a pagar por la ganancia patrimonial y a devolver todas las deducciones, es correcto?.

Para calcular la ganancia patrimonial me puedo restar el principal pendiente de la hipoteca que cancelamos en el momento de la venta?, es que alguien me ha dicho que no, que no me puedo restar la cancelacion de la hipoteca, pero es que no entiendo si yo con el dinero que he obtenido de la venta he cancelado dicha hipoteca porque no me la puedo restar del importe de la venta?, ademas lo pone en la escritura. Tambien me han dicho que tengo que poner el importe que me costo realmente la casa no el que consta en la escritura de obra nueva?. Yo entiendo que a efectos de renta, lo primordial y a efectos de venta es el valor economico que consta en la escritura de obra nueva?.

Gracias por vuestra ayuda, es que no me aclaro mucho con esto.