2 dudas:Declaración renta y Facturación profesional

Hola, este es mi primer mensaje en este foro, asi que un saludo a tod@s:

Tengo dos dudas que me afectan directamente:

1.- En la declaración de la renta del 2006 - todavía no resuelta :( - tuve que declarar acerca de una ayuda al alquiler de una vivienda concedida por la administración pública.Para alquilar esa vivienda (de 500 €), la administración ingresaba al propietario 300 € y yo aportaba por mi parte los restantes 200 €.
En la declaración, entendiendo que era una ayuda concedida por bajos ingresos, desgravé por los 200 €.Como respuesta a mi declaración, se me conminaba a justificar dicha operación porque los servicios fiscales entienden que, no sólo debía yo cotizar por la totalidad de la ayuda (300 €)sino que no contemplaban la posibilidad de desgravación por la misma.Entiendo que yo no cobré ningún dinero; la administración me concedió una ayuda por la que me ayudaba a pagar un alquiler, por lo que yo no cobré nada de ellos (cobraba directamente el propietario) así que lo que no entiendo por qué debo cotizar por ello.Y llegados a ese punto, y si desgravo por los 200 € que yo pongo de mi bolsillo, ¿por qué no podría desgravar por lo demás si me obligan a cotizar por los 300 €?

Tema diferente

2.-He realizado un servicio profesional para un autónomo y le voy a pasar la factura.Voy a desglosar tanto IVA como IRPF en la misma.(Si no es lo correcto agradecería explicación).

Mi pregunta es ,ya que estoy dado de alta en el IAE (y pertenezco a la mutualidad de un colegio profesional por lo que no necesito darme de alta en el RETA -aparte de que también soy trabajador de una empresa-)..¿Al finalizar el trimestre fiscal, además del impreso 300 (IVA), debo entregar también el 110 o sólo sería necesario si yo retuviese a otra persona?

Espero no haber sido demasiado extenso.

Muchas gracias