IVA DE IMPORTACION

El año 2007 mi empresa realiza varias importaciones de material médico , al no tener licencia de importación , utilizamos una empresa a la que cedemos la mercancia y nos facilita ese tramite.
el problema se plantea cuando el agente de aduanas ingresa el iva pero en el DUA figura el nombre de la empresa a la que se ha cedido la mercancia, despues el agente de aduanas factura a mi empresa el iva que ha ingresado.
Nosotros pagamos el iva al agente de aduanas y procedemos a deducirlo , pero en hacienda nos dicen que al no estar a nuestro nombre el DUA no podemos ejercer dicha deducción, por lo que nos mandan una liquidacion y pagamos a hacienda el iva que nos habiamos deducido, con lo cual ese iva quea para la administracion , ya que no se lo ha deducido , ni la empresa a la que se cede la mercancia y que es la que figura en el DUA ni mi empresa ya que he pagado el iva dos veces y me lo he deducio una.

Como suele ser habitual las negativas en la administracion a dar una solucion son constantes , pero la suerte ha querido que una persona con sentido común de las que tambien hay en la administracion nos da la solución., SE HAN CAMBIADO TODOS LOS DUAS DESDE 2007 A NOMBRE DE MI EMPRESA PARA QUE PROCEDA A DEDUCIRME, EL IMPORTE QUE HE PAGADO.
Mi pregunta es como debo contabilizarlo , si lo incluyo en la declaracion del trimestre, si tengo que hacer una complementaria , como ahora en las declaraciones hay que poner las bases de iva , no me van a cuadrar , enfin que tengo un pelin de lío.

muchas gracias